Các loài trong chi Ceratophyllum được coi là đủ đặc biệt để có thể xếp nó vào một họ riêng của chính nó là họ Ceratophyllaceae, mặc dù quan hệ chính xác của nó với các loài, chi, họ thực vật hạt kín khác vẫn chưa được sáng tỏ. Trong hệ thống Cronquist người ta cho rằng nó có quan hệ họ hàng gần với họ Họ Súng (Nymphaeaceae) và đặt nó trong bộ Bộ Súng (Nymphaeales), nhưng các nghiên cứu gần đây đã chỉ ra rằng nó không có quan hệ họ hàng gần với họ Nymphaeaceae hay bất kỳ họ thực vật đang tồn tại nào khác. Một số nghiên cứu phát sinh loài ban đầu cho rằng nó là nhóm chị em với các thực vật hạt kín khác, nhưng các nghiên cứu mới hơn lại cho rằng nó hoặc là nhóm chị em với thực vật một lá mầm (monocots) hoặc là với thực vật hai lá mầm thật sự (eudicots). Hệ thống APG II đặt họ này trong bộ của chính nó với danh pháp khoa học là Ceratophyllales[5].

Sự phân chia họ này thành các loài vẫn chưa được giải quyết dứt điểm, nhưng người ta cho rằng có ít nhất là 5 loài chính là:

• Ceratophyllum demersum L. - rong đuôi chó thông thường hay rong đuôi chó cứng
• Ceratophyllum echinatum A.Gray - rong đuôi chó không gai
• Ceratophyllum muricatum Cham. -rong đuôi chó gai
• Ceratophyllum platyacanthum Cham.
• Ceratophyllum submersum L. – rong đuôi chó nhiệt đới hay rong đuôi chó mềm

mặc dù có trên 30 tên gọi loài khác cũng đã được miêu tả, nhưng phần nhiều trong số này có lẽ chỉ là các biến thái của 5 loài nói trên[1][2][6][7][8]. Trong số này, Ceratophyllum demersum là phổ biến rộng nhất, với sự phân bố toàn cầu; các loài khác chỉ sinh sống trong phạm vi hạn hẹp hơn. Tên gọi rong đuôi chồn hay cỏ khét đôi khi cũng được áp dụng cho một số loài trong họ này, chẳng hạn cho Ceratophyllum demersum.